Pascasarjana IAIN Madura merupakan unit yang bernaung di IAIN Madura berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: 2346 Tahun 2012 tentang Izin Penyelenggaraan Program Magister di Lingkungan Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri.

Pada hakikatnya semua Program studi (S-2) pada pascasarjana IAIN Madura berusaha untuk mempersiapkan infrastruktur atau pranata yang diperlukan untuk menyelenggarakan kegiatan akademik. Salah satu diantara infrastruktur atau pranata tersebut adalah rencana strategis untuk memperoleh tujuan utama penyelenggaraan akademik yang tersentral (terfokus) pada pencapaian visi dan misi Pascasarjana.Kondisi umum Pascasarjana saat ini dapat digambarkan melalui sejumlah komponen berikut:

1. Pendidik dan Tenaga Kependidikan

Pascasarjana IAIN Madura memiliki 30 dosen tetap dengan pendidikan S3. Sedangkan jumlah tenaga kependidikan sebanyak 7 pegawai dengan jenjang pendidan S2 = 2 orang, S1 = 2 orang dan SMA = 3 orang.

2. Program Studi, Akreditasi

Pascasarjana dengan 5 Program Studi yaitu Prodi Magister Pendidikan Agama Islam dengan akreditasi B dari BAN PT, Prodi Magister Hukum Keluarga Islam dengan akreditasi B dari BAN PT; Prodi MagisterEkonimi Syariah dengan akreditasi minimal dan proses reakreditasi, Prodi Magister Manajemen Pendidikan Islam dengan akreditasi minimal dan Prodi Magister Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir dengan akreditasi minimal.

3. Sarana dan Prasarana

Gedung Pascasarjana dan ruang kuliahnya seluas 1.324 m2, Gedung Perpustakaan seluas 3.200 m2, Auditorium seluas 1.016 m2, Masjid Darul Hikmah seluas   677 m2, areal parkir 956 m2, jalan 4.884 m2 dan taman kampus 950 m2, dan sejumlah sarana dan prasarana lainnya.